De la revisión de los documentos que integran el archivo de la parroquia pachuqueña, se desprende que la presencia de Matamoros aquí, abarca del 4 de abril de 1799 al 10 de noviembre de 1801, prácticamente 3 años, en los que estuvo bajo las ordenes cura Mariano Iturría Ipazaguirre, entusiasta sacerdote a quien se debió la construcción del puente “de Gayo” o puente de las fiestas, que unió por una vía amplia y de recia estructura a las porciones oriente y poniente del entonces Real del Minas de Pachuca, así mismo a él se debe la reconstrucción del templo de San Miguel Cerezo, obra que se realizó precisamente durante los años de estancia de Matamoros en Pachuca. Una rápida mirada a las actas de bautizos, matrimonios y entierros, basta para darse cuenta de la gran cantidad de trabajo desplegada por el joven vicario, que aquí debió percatarse del clima de explotación a los mineros, pero ante todo, de la enorme desigualdad que privaba en la sociedad novohispana de aquellos, los años previos al estallido de la Guerra de Independencia.

Matamoros reconoció en una carta enviada su tío Francisco de Salazar el 18 de mayo de 1812, que su inconformidad en contra de las condiciones que prevalecían en la Nueva España, surgió al conocer de cerca en Pachuca “como estos probes homnes (sic), ponían en peligro su vida, sin mas aliciente que la encomienda de todo a nuestra amantísima Señora, cobijo, de humildes e probes trabajadores, que bajan por los hoyos que hacen en la tierra que aquí llaman galerones y socavaderos”.

Don Carlos María Bustamante, quien conoció de cerca a Matamoros, lo describe así en su “Cuadro Histórico, de la Revolución de la Independencia Mexicana” “Era un hombre delgado, de pequeña estatura, color blanco amarillento, ligeramente picado de viruelas, pelo y barba rubios, ojos garzos (azules)…… inclinaba la cabeza sobre el hombro izquierdo y su voz gruesa y hueca. Tenía muy arraigado el vicio de fumar”. Su firma de trazos firmes aunque adornados, permite entrever a un hombre inteligente y cuidadoso de las formas, pulcro tanto en el pensar como en el hacer, pues no obstante el cumulo de trabajo, se daba tiempo de redactar con letra clara cada una de las actas sobre los sacramentos que administraba.

De Pachuca pasó Matamoros a la parroquia de Escanela y de allí a Jantetelco, donde le sorprende el inicio de la Guerra de Independencia, a la que se suma como parte de los ejércitos del sur que comandaba Morelos, el 16 de diciembre de 1811, un día antes de la Batalla de Izucar en la que participa con dos regimientos de caballería, dos batallones de infantería y un cuerpo de artillería, Sus primeras acciones fueron en Tecualoya y Tenancingo y después en el sitio de Cuautla donde rompió el cerco y regresó con víveres a Cuautla, a ellas se sumaran las acciones de la toma de Oaxaca el auxilio en Coscomatepec a Nicolás Bravo.

Finalmente después de la derrota del 23 de diciembre de 1813 y del intento fallido de tomar Valladolid, es aprehendido por el realista Eusebio Rodríguez, y llevado preso a la cárcel de la Inquisición en Valladolid de donde salió para ser ejecutado en el Portal del Ecce Homo (hoy Portal de Matamoros) de la hoy ciudad de Morelia, el 3 de febrero de 1814.